Skip to content

Задание 6 11 октября

OlgaBond edited this page Oct 7, 2014 · 1 revision
  1. Задачи минимум:
    1. Составить сводную таблицу по работе всех тулов с проверкой, насколько точны те координаты, которые они дают (включая интроны)
    2. Поиск гомологов в геноме, используя как референс ___N. tetrosperma___
    3. Гомологи, в которых мы точно уверены, отобрать в отдельный файл.
    4. Написать программу, которая в последовательности гена Start(ATG), stop(TGA, TAG, TAA) и сайты сплайсинга(GTCC, (T/G)TCCATCA).
    5. Проверить качество программы на тех гомологах, которые мы отобрали (п.3)
  1. Задача максимум:
    6. Разобраться в работе программ, котрые нам дали: как их запускать, что давать на вход, что выдают на выходе (Augustus, The Korf Lab SNAP)
    7. Запустить программу на наш геном и найти все открытые рамки считывания.
Clone this wiki locally