Мы стартуем с трех треков:
- Трек эволюционной биологии, чтение Кунина - одна глава в неделю с обсуждением всего, чтобы не осталось неясностей - это вас прокачает в генетике и геномике до уровне аспиранта к зиме.
- Трек алгоритмов как в яндекс пратике (там это факультатив), и уже есть план задачек на полгода на codewars, набить руку + codegame - набить скилл бегло писать код не задумываясь.
- Трек прикладной биоинформатики - уметь запускать основные тулы и знать куда какой применять и когда. И пройти наконец-то розалинд.
Подготовительные треки:
- Базовый питон и линукс, трек для подготовки к основному треку (предположительный старт 28го июня 2021).
- Введение в генетику, подготовка к экзамену по генетике в аспирантуру (предположительный старт 28го июня 2021).
Предполагаемые треки:
- Трек микробиологии - чтения Брука.
- Трек молекулярной биологии и генетики - чтение Генов по Льюину.
Возможно треков станет больше, но пока так.
Это прокачка подразумевает больше одной итерации, на первой вы учитесь, но второй учите осенью, после этого у вас навык будет закреплен. Плюс нам нужен пул ревьюеров, чтобы это можно было масштабировать. Плюс у всего этого мета с менеджментом стресса. Чего у нас не было в предыдущих попытках. Нам нужно найти тот вариант, который позволяет тем кто учиться не сломаться, а тем кто учит не выгореть.
Мы спланируем стартовать второй поток 28 июня 2021. Уже с учетом ошибок первого потока.
Для того чтобы присоединиться, нужно решить первую неделю, сделать форк и пул реквест решения.
Старт нового потока каждые две недели.
Slack канал: https://join.slack.com/t/edusummer2021/shared_invite/zt-rgjeit11-yOjHrZNpi_92IMWXEmHS6w
| Student | Rosalind | Koonin | Applied Coding | Codewars | Yandex | Total |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Maximal | 55 | 20 | 90 | 66 | -- | 231 |
| ochkalova | 0 | 20 | 0 | 0 | 0 | 20 |
| Chaotic-algorithm | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| sofya-d | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| Nadya7n | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| lavrentiy-danilov | 0 | 0 | 0 | 66 | 0 | 66 |
| Abusagit | 55 | 20 | 50 | 66 | 0 | 191 |
| iuliiasavina | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| Student | Rosalind | Codewar Score | Codewar solved | Status | Review Comments | Кунин |
|---|---|---|---|---|---|---|
| ochkalova | 6 | 52 | 10 | PASS | 0 | 1/1 |
| tniapp | 22 | 54 | 10 | NOPE | 9 | 0/1 |
| KoptelovaEkaterina | 6 | 4 | 1 | NOPE | 7 | 0/1 |
| Chaotic-algorithm | 16 | 63 | 11 | PASS | 32 | 1/1 |
| Adeliia-K | 6 | 2 | 1 | NOPE | 0 | 0/1 |
| sofya-d | 6 | 54 | 10 | PASS | 38 | 1/1 |
| Nadya7n | 6 | 56 | 11 | PASS | 39 | 1/1 |
| lavrentiy-danilov | 15 | 54 | 10 | PASS | 36 | 1/1 |
| Abusagit | 22 | 82 | 15 | PASS | 33 | 1/1 |
| iuliiasavina | 6 | 4 | 1 | PASS | 21 | 1/1 |
Спринт1 07-28.06.2021
Сслыка на спринт: https://github.com/aglabx/edusummer2021/blob/main/week1.md
- Введение в гит с использование браузера.
- Регистрация на сайтах, которые будем использовать.
- Решаем простенькие задачи с codewars.
- Решаем базовый питон с Rozalind.
- Решаем и смотрим вводные лекции от яндекса для школьников.
- Читаем первую главу Кунина.
Спринт2 21-27.06.2021
Сслыка на спринт: https://github.com/aglabx/edusummer2021/blob/main/week2.md
- Биологические форматы данных.
- Работа с табличными файлами.
- Пишем свой парсер фасты.
- Пишем свой парсер gbff (со зведочкой).
- Вторая глава Кунина.
- Начинаем штурмовать биологическую часть Розалинда.
- Начинаем пробовать писать сортировки.
Спринт3
- Работа с сырыми данными Иллюмины. Оценка качества, профайлы кмеров.
- Пишем свой визуализатор профиля кмеров и предсказания размера генома.
- Третья глава Кунина.
- Продолжаем штурмовать биологическую часть Розалинда.
- Решаем задачки на сортировку.
Спринт4
- Сборка бактериального генома. Какие есть ассемблеры.
- Основные подходы к сборке геномов.
- Пишем наивный сборщик генома короновируса de novo.
- Пишем наивный сборщик генома микоплазмы (со звездочкой).
- Начинаем штурмовать алгоритмическую часть Розалинда.
- Четвертая глава Кунина.
- TBA
Таймлайн калька с Яндекс Практики с небольшими адаптациями.
Один цикл две недели. Первая неделя заканчивается софт дедлайном, вторая неделя заканчивается хард дедлайном. Чтобы идти с потоком, то на момент софт дедлайна нужно заслать решение и сдать его не поздней хард.
Следующие недели в приватном репозитории будут.
В случае незакрытия хард дедлайна, вы уходите в академ, и можете восстановиться на следующем потоке на этой же неделе, где не справились.
В академ можно уходить три раза.
Сейчас планирутся старт потока по мере его формирования.