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FSL

学习资料

• 官方文档: https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/
• 官方课程: http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fslcourse/](http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fslcourse/
• 官方中文课程: http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fslcourse/2019_Beijing/index.html
• 官方邮件列表: https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A0=fsl

常用功能

• FEAT用于任务态fMRI数据统计建模。
• FIRST用于对T1数据进行皮下核团分割和形变分析。
• FSLVBM用于VBM分析。
• FDT用于分析dMRI数据：
  • eddy用于涡流头动校正等。
  • dtifit用于拟合张量模型。
  • bedpostx用于估计纤维束朝向分布。
  • probtracx2用于概率性纤维束追踪。
• TBSS用于基于纤维束骨架的统计分析。
• melodic用于对fMRI数据进行独立成分分析，提供了两种模型（tensor/temporal concatenation）。
• bet用于对T1数据进行脑提取。
• fast用于对T1数据进行组织分割。
• flirt用于线性配准，一般用于被试内配准。
• fnirt用于非线性配准，一般用于被试间配准。
• randomise使用permutation test进行假设检验和多重比较校正。
• cluster可以报告cluster信息，可以配合randomise使用。
• fdr用于进行FDR多重比较校正。
• dual_regression用于进行双回归，一般结合melodic使用。
• mcflirt用于fMRI头动校正。
• slicetimer用于fMRI时间层校正。
• FSLeyes多用途的可视化工具。
• fslcc计算两个图像的空间相关。
• fslchfiletype转换文件格式。
• fslhd查看文件头信息。
• fslinfo查看文件基本的头信息。
• fslmaths对图像进行一些数学操作。
• fslmeants计算均值。
• fslmerge合并多个文件为一个文件。
• fslnvols查看4D文件时间点。
• fslsplit将4D文件分离成多个3D文件。
• fslstats对图像计算一些统计量（比如均值）。
• fslval查看头信息的某个参数。
• fslreorient2std将图像朝向调整为MNI152模板朝向。
• fslorient查看和设置图像朝向。
• overlay将多个文件叠加生成用于画图的文件，Renderstats是对应的图形界面。
• slicer用于生成截面图，可与overlay结合使用。