CHIP-seq.md

CHIP-seq-for-peter

CHIP-seq学习资料

流程

上游分析

1. 质控 Fastqc
2. 修剪 Trim Galore
3. 比对 BWA Bowtie2
4. 去除重复 Picard Samtools
5. 峰值检测 MACS2 PeakSeq
6. 峰值注释 ChIPpeakAnno HOMER
7. 差异结合分析（可选） DiffBind MAnorm
8. 功能分析（可选）

• CHIP-seq标准流程
• MACS2
• 官方测试数据

下游分析

• ChIPseeker:峰值注释
• ChIPpeakAnno
• ChIP-seq downstream analysis: ChIPseeker
• 微信：ChIP-seq数据分析代码笔记
• Basics of ChIP-seq data analysis

教程

• Ming Tang的学习笔记 https://github.com/crazyhottommy/ChIP-seq-analysis
• nf-core的教程 https://github.com/nf-core/chipseq
• R语言下游分析 https://www.bioconductor.org/help/course-materials/2016/CSAMA/lab-5-chipseq/Epigenetics.html

WDL

• ENCODE的流程，带有html报告 https://github.com/ENCODE-DCC/chip-seq-pipeline2