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config-hicpro.txt
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# Please change the variable settings below if necessary
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## Paths and Settings - Do not edit !
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TMP_DIR = tmp
LOGS_DIR = logs
BOWTIE2_OUTPUT_DIR = bowtie_results
MAPC_OUTPUT = hic_results
RAW_DIR = rawdata
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## SYSTEM AND SCHEDULER - Start Editing Here !!
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N_CPU = 2
SORT_RAM = 1000M
LOGFILE = hicpro.log
JOB_NAME =
JOB_MEM =
JOB_WALLTIME =
JOB_QUEUE =
JOB_MAIL =
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## Data
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PAIR1_EXT = _R1
PAIR2_EXT = _R2
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## Alignment options
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MIN_MAPQ = 10
BOWTIE2_IDX_PATH =
BOWTIE2_GLOBAL_OPTIONS = --very-sensitive -L 30 --score-min L,-0.6,-0.2 --end-to-end --reorder
BOWTIE2_LOCAL_OPTIONS = --very-sensitive -L 20 --score-min L,-0.6,-0.2 --end-to-end --reorder
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## Annotation files
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REFERENCE_GENOME = hg19
GENOME_SIZE = chrom_hg19.sizes
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## Allele specific analysis
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ALLELE_SPECIFIC_SNP =
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## Capture Hi-C analysis
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CAPTURE_TARGET =
REPORT_CAPTURE_REPORTER = 1
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## Digestion Hi-C
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GENOME_FRAGMENT = HindIII_resfrag_hg19.bed
LIGATION_SITE = AAGCTAGCTT
MIN_FRAG_SIZE =
MAX_FRAG_SIZE =
MIN_INSERT_SIZE =
MAX_INSERT_SIZE =
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## Hi-C processing
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MIN_CIS_DIST =
GET_ALL_INTERACTION_CLASSES = 1
GET_PROCESS_SAM = 0
RM_SINGLETON = 1
RM_MULTI = 1
RM_DUP = 1
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## Contact Maps
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BIN_SIZE = 20000 40000 150000 500000 1000000
MATRIX_FORMAT = upper
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## Normalization
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MAX_ITER = 100
FILTER_LOW_COUNT_PERC = 0.02
FILTER_HIGH_COUNT_PERC = 0
EPS = 0.1