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exersise5.R
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############ 演習5 : データの可視化 ############
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# パッケージインストール(一度やればよい)
install.packages("rgl")
# パッケージ読み込み
library("rgl")
# データ読み込み
load("Count.Rdata")
load("pca.Rdata")
# 主成分寄与率
png(file="Contribution_PCA.png")
plot(pca$sdev/sum(pca$sdev), xlab="Principal Components", ylab="Proportion of Variance", main="Contribution rate of the Principal Component")
dev.off()
# バイプロット
png(file="Biplot_PCA.png")
biplot(pca)
dev.off()
# 細胞をソートする際の表面マーカーで色を付ける
Label <- data.frame(group_name=Count$group_name, Well=Count$Well, Color=NA)
# B cell => オレンジ
Label$Color[which(Label$group_name == "B cell")] <- rgb(1, 0.25, 0, 0.5)
# NK T cell => 紫
Label$Color[which(Label$group_name == "NK_cell")] <- rgb(0.75, 0, 1, 0.5)
# pDC => 青
Label$Color[which(Label$group_name == "CD8+pDC")] <- rgb(0, 0, 1, 0.5)
# Monocyte => 黒
Label$Color[which(Label$group_name == "monocyte_or_neutrophil")] <- rgb(0, 0, 0, 0.5)
# 主成分分析
plot3d(pca$rotation[, 1:3], xlab="PC1", ylab="PC2", zlab="PC3", col=Label$Color)
writeWebGL(dir="PCA_3d", width=500)